吉林大学世纪腾飞2000年6月12日，根据国务院关于高教管理体制改革和局部结构调整的决定，经教育部批准，原吉林大学与吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并组建新的吉林大学

2001年12月，成为首批获准试办国家示范性软件学院的高等学校

 2002年1月13日，珠海市与吉林大学签订《珠海市人民政府、吉林大学合作建设吉林大学珠海校区协议书》，建立吉林大学珠海校区

2004年，吉林大学被批准为中央直接管理的学校

 2004年5月20日，经教育部同意，在吉林大学珠海校区试办独立学院——吉林大学珠海学院（今珠海科技学院）

2004年8月29日，中国人民解放军军需大学番号撤销

中国人民解放军军需大学并入吉林大学，更名为吉林大学和平分校，相对独立办学，具有独立法人资格

2005年1月7日，根据《关于军需大学并入吉林大学后管理模式的若干意见》，明确了“军需大学并入吉林大学后，成为吉林大学的一个校区（和平校区），改称农学部

学校对学部实行统一领导和管理，按学校授权，学部相对独立管理校区事务”

2006年9月，举行了合校六周年暨建校六十周年校庆

同年，首批入选高等学校学科创新引智计划（即“111计划”） ；在珠海校区成立吉林大学研究生院珠海分院、吉林大学南方研究院

2007年，入选第一批国家大学生创新性实验计划立项学校

 2009年，成为入选首批国家“珠峰计划”的11所高校之一

 2010年6月，入选教育部第一批“卓越工程师教育培养计划”高校

 2011年3月，吉林大学通信工程学院与华为技术有限公司在签署《华为网络技术学院合作协议》，在吉林大学成立全国首家“华为网络技术学院”

 2012年11月，入选教育部卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校

同月，入选国家首批卓越法律人才教育培养基地名单

  2013年1月，入选国家大学生创新创业训练计划项目

4月，首批入选高等学校创新能力提升计划（即“2011计划”）

5月，成为首批入选国家创新人才培养示范基地的6所高校之一

   2014年9月，入选国家第一批卓越农林人才教育培养计划改革试点项目

 2015年4月10日，国务院总理李克强来访吉林大学，视察了化学国家重点实验室和学生就业创业指导与服务中心

称赞吉林大学为国家和区域发展做出的重大贡献，并祝愿吉大未来更美好

7月31日，吉林大学入选首批全国高校实践育人创新创业基地

  2016年7月，被教育部评为全国创新创业典型经验高校

 2017年1月，被教育部认定为“全国首批深化创新创业教育改革示范高校”

9月，吉林大学入选国家“双一流”建设高校；同月，学校与中国商用飞机有限责任公司签署战略合作协议

   2018年3月，入选教育部首批“新工科”研究与实践项目

4月，经国务院学位委员会批准，吉林大学成为首批学位授权自主审核单位

5月26日，吉林大学人工智能学院成立；吉林大学与中共吉林省委政法委员会签署合作共建协议书；学校同新华三集团、百度在线网络技术（北京）有限公司等5家企业签署合作协议或战略合作备忘录

6月20日，学校整合考古学、古文字学，成立吉林大学考古学院；与故宫博物院联合成立“吉林大学--故宫博物院张忠培考古研究中心”

7月6日，吉林大学主办21世纪学术联盟第9届总会

8月，入选吉林省特色高水平大学建设项目应用研究型高校A类，12月，学校与华为技术有限公司签署战略合作协议

        吉林大学2019年4月，学校与中国一汽签署战略合作协议

6月，学校与中国太平洋保险（集团）股份有限公司签署战略合作协议

7月，首批入选中国高校行星科学联盟

9月，成为中国人工智能教育联席会创始成员、理事单位

10月，吉林大学上榜智能驾驶技术领域专利申请量排名前10的公司/机构

12月18日，吉林大学纪念白求恩逝世80周年暨毛泽东发表《纪念白求恩》80周年大会在长春召开

      2019年12月，吉林大学入选医学“双一流”建设联盟理事单位

 2020年1月，学校入选基础学科招生改革试点（“强基计划”）

 10月，被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权试点高校

 2021年4月27日，吉林大学东北亚学院成立

 2021年9月30日上午，吉林大学、吉林省公安厅、长春市公安局共建法医人类学联合研究中心揭牌仪式在中心校区东荣大厦会议中心举行

 2022年2月，吉林大学入选第二轮国家“双一流”建设高校

 2022年9月9日，东北三省一区高校心理健康教育联盟成立大会召开，吉林大学是联盟高校之一

 2022年11月5日，吉林大学中共党史党建研究院揭牌仪式暨第一届党史党建学长白山高端论坛在吉林大学中心校区举办

活动由吉林大学社会科学研究院、吉林大学中共党史党建研究院、吉林大学马克思主义学院共同主办

 2023年3月30日，由吉林大学联合发起组建的吉林省乡村振兴高校联盟成立

 4月9日，吉林大学重庆研究院正式入驻重庆两江协同创新区

 4月14日，吉林大学乡村振兴研究院成立大会举行

 4月26日，牵头组建的吉林省高校院所知识产权联盟成立

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