吉林农业科技学院院系专业截至2023年4月，学校设有9个二级学院，开设49个本科专业（包括2个中外合作办学专业），11个专科专业
截至2017年3月，学校设有动物科技学院、制药工程学院、经济管理学院、水利与土木工程学院、植物科学学院、机械工程学院、食品工程学院、生物工程学院、电气与信息工程学院、中药学院、文理学院、继续教育学院、社科部和体育教学工作部14个教学院（部）
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