吉林医药学院学科建设截至2016年11月，学校有省高校“十二五”优势特色重点立项建设二级学科2个，重点立项培育一级学科1个，省卫生厅重点专科2个
截至2023年4月，学校临床医学、药学学科是吉林省特色高水平学科优势特色学科
省高校“十二五”优势特色重点立项建设二级学科（2个）：外科学、药剂学重点立项培育一级学科（1个）：临床医学 省卫生厅重点专科（2个）：妇产科学、口腔科
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