南京中医药大学学科建设截至2023年2月，学校现有国家“双一流”建设学科1个，国家重点学科3个，国家重点（培育）学科2个，江苏高校优势学科4个，“十四五”省重点学科8个，国家中医药管理局中医药重点学科33个；有4个一级学科博士学位授权点、1个博士专业学位授权点、12个一级学科硕士学位授权点及6个硕士专业学位授权点，3个博士后科研流动站；药理学与毒理学、临床医学、化学、生物学与生物化学和神经科学与行为学5个学科进入ESI全球排名前1%，其中，药理学与毒理学学科进入ESI前1‰

 一级学科博士学位授权点（4个）：中医学、中药学、中西医结合、护理学、一级学科硕士学位授权点（11个）：中医学、中药学、中西医结合、护理学、药学、生物学、基础医学、临床医学、公共管理、科学技术史、软件工程硕士专业学位授权点：中医、中药学、药学、护理、应用心理世界一流学科建设学科（1个）：中药学 国家重点学科（3个）：中药学、中医医史文献、中医儿科学国家重点（培育）学科（2个）：中医学、中医内科学江苏省高校优势学科建设工程（4个）：中医学、中药学、中西医结合、护理学国家中医药管理局“十一五”重点学科（14个）：方剂学、温病学、中医儿科学、中医妇科学、中医肝胆病学、针灸学、药用植物学、中药药理学、中药炮制学、中医医史文献学、中医护理学、中医脾胃病学、中医肾病学、中医肛肠病学国家中医药管理局“十二五”重点学科（19个）：伤寒学、中医诊断学、临床中药学、中西医结合基础 、中医痹病学、中医肿瘤学、中医骨伤科学、中医耳鼻喉科学、中医养生学、推拿学、中药药剂学、中药化学、中药资源化学、中医药信息学、中医文化学、中医药管理学、中医皮肤病学、中西医结合临床、中医心病学江苏省重点学科（8个）：中医临床基础、方剂学、中医诊断学、中医内科学、中医外科、中医妇科、针灸推拿学

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