南京审计大学科研机构截至2023年2月，学校建有江苏省高校哲学社会科学研究基地6个，省级重点实验室4个；江苏省工程研究中心2个，与中央军委审计署、国防大学联合勤务学院签署战略合作框架协议，与江苏省审计厅、广东省审计厅等审计机关、北海市、淮安市、珠海市等地方政府合作，先后成立北海审计研究院、淮安研究院、粤港澳大湾区审计研究院等校地联合研究院
江苏省高校哲学社会科学研究基地（5个）：“现代审计发展研究中心”“经济监督研究中心”“金融风险管理研究中心”“政府审计与区域治理法治化研究院”“江苏劳动法治研究基地”和“江苏科技金融体系创新研究基地” 江苏省高校协同创新中心（培育点）（1个）：审计信息工程与技术协同创新中心江苏省重点实验室（4个）：江苏省公共工程审计实验室、江苏省审计信息工程重点实验室、金融工程重点实验室、江苏省审计大数据工程实验室
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