南京工程学院科研机构截至2023年3月，学校有国家级电力仿真与控制中心、国家级博士后科研工作站、国家技术转移示范机构、国家级企业技术中心、国家级众创空间“天印梦工场”等国家级学科科研平台5个；江苏省配电网智能技术与装备协同创新中心、江苏省智能制造装备工程实验室、江苏省氢燃料电池汽车产业研究中心等省级学科科研平台20个
省级重点建设实验室（2个）：先进数控技术江苏省高校重点建设实验室 、江苏省先进结构材料与应用技术重点实验室首批江苏高校“2011计划”协同创新中心（1个）：南京工程学院“配电网智能技术与装备协同创新中心” 省级工程、技术中心（5个）：江苏省轨道车辆现代化装备工程研究中心、江苏电力仿真技术中心、现代制造技术工程研究中心、先进数控技术实验室、模具工程研究中心
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