黑龙江中医药大学院系专业截至2023年3月，学校下设16个学院、14个附属医院（4个直属）、1个中医药研究院、1个中医药高等教育研究院、26个教学医院和70个实习基地，开设27个本科专业，学科专业涵盖医、理、工、管、法等5个学科门类

 专科专业专业名称学制学位授予门类学院医学实验技术四年理学黑龙江中医药大学佳木斯学院中医学五年医学黑龙江中医药大学临床医学院中西医临床医学五年医学护理学四年理学社会工作四年法学黑龙江中医药大学人文与管理学院古典文献学四年文学市场营销四年管理学公共事业管理四年管理学医学信息工程四年工学黑龙江中医药大学医学信息工程学院生物技术四年理学黑龙江中医药大学药学院应用心理学四年理学制药工程四年工学食品科学与工程四年工学药学四年理学药物制剂四年理学中药学四年理学中药资源与开发四年理学中药制药四年理学药物分析四年理学针灸推拿学五年医学黑龙江中医药大学针灸推拿学院 康复治疗学四年理学专科专业专业设置情况所属学院护理、中医学（美容、临床、保健、肛肠）黑龙江中医药大学临床医学院针灸推拿、康复治疗技术黑龙江中医药大学针灸推拿学院中药、中药制药技术黑龙江中医药大学药学院医疗美容技术黑龙江中医药大学佳木斯学院

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