哈尔滨医科大学科研机构截至2022年12月，学校有国际科技合作基地1个，国际合作联合实验室1个，教育部重点实验室4个，国家卫健委重点实验室3个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，省级重点实验室25个，省级国际科技合作平台4个，省普通高校重点实验室11个，与地方政府和企业共建院士工作站2个，北方医学转化研究合作中心1个

 国家级工程实验室：寒地心脑血管疾病药物研发国家地方联合工程实验室 国家级工程研究中心：眼科新型医疗设备国家地方联合工程研究中心、人体自身免疫病诊疗技术国家地方联合工程研究中心  省部共建教育部重点实验室：肝脾外科省部共建教育部重点实验室、省部共建教育部心肌缺血机理与诊疗技术重点实验室、省部共建教育部生物医药工程重点实验室  教育部重点实验室：心血管药物研究教育部重点实验室、心肌缺血教育部重点实验室 卫生部病因流行病学重点实验室：病因流行病学重点实验室、细胞移植重点实验室   省部共建国家重点实验室培育基地：黑龙江省生物医药工程重点实验室  教育部科技创新团队：实体肿瘤双微体基因组与遗传资源教育部创新团队、医学遗传学创新团队  黑龙江省级工程技术中心：黑龙江省分子医学工程技术研究中心、黑龙江省干细胞工程技术研究中心黑龙江省重点实验室：黑龙江省医学分子生物学重点实验室、黑龙江省肿瘤生物治疗重点实验室、黑龙江省营养与食品卫生学重点实验室、黑龙江省感染与免疫重点实验室、黑龙江省麻醉与危重病学重点实验室（与牡丹江医学院协作）、黑龙江省分子影像省重点实验室    黑龙江省普通高校重点实验室：哈尔滨医科大学医学遗传学重点实验室、哈尔滨医科大学营养与食品卫生学重点实验室、哈尔滨医科大学药物研究重点实验室、哈尔滨医科大学神经外科重点实验室、哈尔滨医科大学麻醉基础理论与应用研究重点实验室、哈尔滨医科大学病因流行病学重点实验室、哈尔滨医科大学医学病原学（BSL-3）重点实验室、哈尔滨医科大学肝脾外科重点实验室、哈尔滨医科大学移植免疫基础与应用重点实验室、哈尔滨医科大学神经生物重点实验室、哈尔滨医科大学药物与内源性物质代谢实验室     

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