黑龙江工程学院科研机构截至2023年3月，学校有博士后科研工作站2个、教育部重点实验室（B类）1个、省级重点实验室3个、省级工程技术研究中心3个、共建省级协同创新中心1个、校企共建省级新型研发机构1个、省级非物质文化遗产研究基地1个、省高校重点实验室5个、省高校工程中心3个
博士后科研工作站：黑龙江华正交通工程监理有限责任公司博士后科研工作站、哈尔滨测量高等专科学校测量工程公司博士后科研工作站 省级重点实验室：寒区道路工程病害防治与养护技术实验室、汽车运用与智能交通技术实验室、光电子及激光技术重点实验室 省级工程技术研究中心：固体激光技术及应用工程技术研究中心、语言智能工程技术研究中心、寒区公路养护技术工程研究中心 省级高校重点实验室：汽车运用与智能交通技术重点实验室等 省级高校校企共建工程研发中心：寒区公路养护技术工程研究中心等
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