黑龙江农垦职业学院院系专业据2023年4月学校官网显示，学院设有6个分院，开设37个高职专业
二级学院专业经济管理分院会计、物流管理、市场营销、电子商务、旅游管理、工程造价、建筑工程技术、建筑经济管理、道路桥梁工程技术 食品工程分院食品质量与安全、食品加工技术、食品营养与检测、食品生物技术、农产品加工与质量检测、种子生产与经营、绿色食品生产与检验 制药工程分院药品服务与管理、中药生产与加工、药品生产技术、药学 护理分院护理、康复治疗技术、医学检验技术、助产 师范教育分院学前教育、语文教育、英语教育 计算机与艺术传媒分院软件技术、应用电子技术、计算机网络技术、环境艺术设计、农业装备应用技术、建筑室内设计
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