黑龙江农业工程职业学院院系专业根据2022年9月学校官网信息显示，学院建有11个分院和3个教学部门，开设35个高职专科专业
专业设置院系专业学制动物科技学院食品加工技术3畜牧兽医3动物医学3食品营养与检测3经济管理学院会计与审计3会计电算化3市场营销3物流管理3机械工程学院模具设计与制造3数控技术3机械制造与自动化3焊接技术及自动化3汽车制造与装配技术3农业机械制造与装配3自动化学院机电一体化技术3电气自动化技术3建筑电气工程技术3电子信息工程技术3包装自动化技术3汽车学院汽车检测与维修技术3汽车电子技术3汽车营销与服务3农机学院农业装备应用技术3工程机械运用技术3设施农业与装备3工程造价3园林工程技术3人文学院旅游管理3酒店管理3文秘3商务日语3应用俄语3广告与会展3 信息学院广告与会展3计算机网络技术3装潢艺术设计3移动通信技术3工程测量技术3动漫设计与制作3室内设计技术3
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