上海理工大学研究机构截至2021年5月，学校有7个国家级科研平台和34个省部级平台
省部级以上科研基地类别名称所属学院负责人国家级平台国家级工程研究中心工业过程自动化国家工程研究中心光电学院王亚刚国家工程实验室分子免疫诊断试剂国家工程实验室版艺学院蔡锦达创新人才推进计划创新人才培养示范基地——教育部协同创新中心上海太赫兹波谱与影像技术省部共建协同创新中心光电学院张大伟地方高校新建学科创新引智基地“学科创新引智计划”（简称“111计划”）太赫兹精准生物医学技术学科创新引智基地光电学院朱亦鸣国家基础科学中心太赫兹科学技术前沿基础科学中心光电学院朱亦鸣国家粮食技术创新中心国家粮食产业（城市粮油保障）技术创新中心医食学院管骁-国家新闻出版署出版业科技与标准重点实验室可信数字版权生态与标准重点实验室 --省部级重点实验室上海市重点实验室上海市现代光学系统重点实验室光电学院庄松林上海市动力工程多相流动与传热重点实验室能动学院张华民政部重点实验室民政部神经功能信息与康复工程重点实验室医食学院喻洪流教育部重点实验室医用光学技术与仪器教育部重点实验室光电学院张学典国家新闻出版总署重点实验室新闻出版总署数字传播科学重点实验室版艺学院蔡锦达出版融合发展重点实验室出版融合发展重点实验室版艺学院蔡锦达出版业科技与标准重点实验室可信数字版权生态与标准重点实验室版艺学院施勇勤机械工业联合会重点实验室机械工业精密磨削技术重点实验室机械学院李郝林机械工业环保制冷剂应用研究重点实验室能动学院张华机械工业汽车底盘机械零部件强度与可靠性评价重点实验室机械学院郑松林机械工业数控机床优化技术重点实验室机械学院丁晓红机械工业精密光电测试技术与仪器重点实验室光电学院庄松林机械工业煤（气）高效燃烧与超低排放重点实验室环建学院张道方机械工业厂房大空间健康环境与节能重点实验室环建学院王昕上海市国际联合实验室太赫兹技术创新国际联合实验室光电学院朱亦鸣省部级工程研究中心教育部工程研究中心现代微创医疗器械及技术教育部工程研究中心医食学院宋成利光学仪器与系统教育部工程研究中心光电学院张大伟新闻出版总署工程研究中心新闻出版总署数字印刷工程研究中心版艺学院蔡锦达上海工程研究中心上海市极端光学制造与检测工程研究中心光电学院张大伟上海工程技术研究中心上海粉末冶金汽车材料工程研究技术中心材料学院薛裕华上海数控装备工程技术研究中心机械学院李郝林上海康复器械工程技术研究中心医食学院喻洪流上海食品微生物工程技术研究中心医食学院艾连中上海介入医疗器械工程技术研究中心医食学院程云章上海食品快速检测工程技术研究中心医食学院徐斐上海环境生物安全仪器及装备工程技术研究中心光电学院张大伟上海市高性能医疗器械材料工程技术研究中心材料学院刘平省部级平台上海市专业技术服务平台上海市生物物质成药性评价专业技术服务平台理学院张淑平上海超精密光学加工与检测专业技术服务平台光电学院张大伟上海市LED器件检测专业技术服务平台光电学院戴博上海市低温生物医学技术服务平台医食学院刘宝林上海市新能源汽车可靠性评价公共技术服务平台机械学院郑松林水下工程检测专业技术服务平台机械学院朱大奇 上海市军民融合基地超精密光学制造军民融合公共服务平台光电学院张大伟上海市前沿科学研究基地上海市类脑光子芯片前沿科学研究基地光电学院顾敏上海市协同创新中心太赫兹波谱与影像技术省部共建协同创新中心光电学院张大伟上海市肿瘤能量治疗技术与器械协同创新中心医食学院刘宝林交通运输部研发中心卫生防疫技术交通运输行业研发中心能动学院张华省部级文科基地上海市人民政府决策咨询研究基地“基于互联网+的上海创新发展”决策咨询研究基地管理学院吴忠教育部国别和区域研究中心中国周边经济研究中心管理学院魏景赋“十三五”上海民政科研基地“十三五”上海民政科研基地（民政事业殡葬研究方向）管理学院鲁虹 学校设有机械工业共性技术上海研究院（机械工业上海研究生院）、上海理工大学卓越工程研究生院、上海系统科学研究院、上海智能制造工程师学院、上海增材制造航空创新研究院（上海理工大学增材制造研究院）、上海理工大学太赫兹技术创新研究院、上海理工大学协同创新研究院、上海理工大学虚拟制造技术研究院、上海理工大学新能源技术研究院、上海理工大学现代医疗器械研究院、上海理工大学电子商务发展研究院、上海理工大学上海人工智能研究院、上海理工大学机器智能研究院、上海理工大学—上海交通大学医学院医工交叉创新研究院（医工交叉研究生院），另设有高性能计算中心、人工智能纳米光子学中心、康复工程与技术研究所、系统生物医学研究中心等数十个校级研究所（中心）、全生命周期电池管理联合研究中心 、国家粮食产业（城市粮油保障）技术创新中心 、上海高性能医疗器械材料工程技术研究中心和上海环境生物安全仪器及装备工程技术研究中心、上海理工大学全生命周期电池管理联合研究中心
截至2017年5月，学校获批参与建设5个上海张江国家自主创新示范区人才培养产学研联合实验室，分别与5家企业联合共建
上海张江国家自主创新示范区人才培养产学研联合实验室微创医疗器械人才培养产学研联合实验室（与上海微创医疗器械（集团）有限公司共建）产业互联网人才培养产学研联合实验室（与东方钢铁电子商务有限公司共建）智能传感器和物联网技术人才培养产学研联合实验室（与上海西派埃自动化仪表工程有限责任公司共建）先进光学制造人才培养产学研联合实验室（与上海光和光学制造股份有限公司共建）功能性黄酒先进酿造技术人才培养产学研联合实验室（与上海金枫酒业股份有限公司共建）-
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