浙江海洋大学合并之后1995年12月，省政府决定，浙江水产学院宁波分院划归宁波大学，浙江水产学院本部保留在舟山继续办学

 1996年5月，浙江水产学院与舟山师范专科学校联合办学工作启动

1998年3月6日，国家教育委员会发文批准两校正式合并，成立浙江海洋学院，校址在定海区文化路；9月20日，举行浙江海洋学院挂牌仪式

2000年1月，浙江省政府发文批复，同意浙江海洋学院组建浙江海洋学院东海科学技术学院，2003年7月，学校主体部分搬迁至定海区海院路新校舍办学

2006年1月，国务院学位委员会发文，学校获得硕士学位授予权，并于2007年招收捕捞学、海洋生物学2个学位点研究生

同年3月，舟山市普陀区政府和浙江海洋学院签署联合办学协议，建立浙江海洋学院普陀科学技术学院

2008年1月，浙江海洋学院创建大学工作启动

2014年1月，在浙江海洋学院普陀科学技术学院筹建独立建制的浙江舟山群岛新区旅游与健康职业学院

 2014年6月，省政府决定，将浙江海洋学院萧山校区划转浙江师范大学管理

 2016年3月1日，国家教育部签发《关于同意浙江海洋学院更名为浙江海洋大学的函》，浙江海洋学院正式更名为浙江海洋大学

2016年11月9日，国家海洋局（现为国家自然资源部）和浙江省人民政府签发《关于共建浙江海洋大学的意见》，支持学校建设以海洋为特色的教学研究型大学

2019年12月27日，浙江省教育厅和舟山市人民政府签署《“省市共建”支持浙江海洋大学创建一流学科的协议》，支持学校创建浙江省重点建设高校优势特色学科

 2020年9月29日，成为全国高校海洋类学术期刊联盟理事单位； 12月26日，加入长三角高水平行业特色大学联盟

 2021年1月，浙江医药高等专科学校与浙江海洋大学东海科学技术学院合并转设工作获得郑栅洁省长重要批示以及省教育厅、省财政厅、省药监局、舟山市政府大力支持，已进入实质性推进阶段

 2021年10月15日，浙江省人民政府根据《教育部关于同意浙江海洋大学东海科学技术学院转设为浙江药科职业大学的函》（教发函〔2021〕84号）和《教育部关于修改部分本科层次职业学校标识码的函》（教发函〔2021〕100号）精神，统筹浙江海洋大学东海科学技术学院、浙江医药高等专科学校办学资源，设置浙江药科职业大学

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