中国科学技术大学展望未来1990年代中期以来，先后成立了理学院、商学院（后更名为管理学院）、化学与材料科学学院、生命科学学院、工程科学学院、信息科学技术学院、人文与社会科学学院、地球和空间科学学院，学院院长大多由“两院”院士或知名教授担任
下设26个系，初步建成了校、院、系三级管理的运行机制，逐步按学科群组织教学，学科专业结构更加符合现代高等教育和科技发展的规律
1995年12月，国家教委、国家计委、财政部在部分高等学校“211工程”立项工作会议上，确定包括中国科大在内的一批重点大学进入国家“211工程”重点建设项目
1996年9月，为区别于合肥中国科技大学研究生院，在“中国科技大学研究生院”之后加上“（北京）”，即“中国科技大学研究生院（北京）
” 1998年，中国科学技术大学被中国科学院纳入知识创新工程体系试点范围，作为知识创新工程的重要组成部分
同年，本科专业数由原来的43个调整到36个，拓宽了专业的涵盖面
6月，中国科大的领导体制由1984年以来试行校长负责制，转换为实行党委领导下的校长负责制
1999年，入选第一批国家大学生文化素质教育基地
1999年起，实行讲座教授、首席专家和杰出青年奖励制度
7月25日，教育部、中国科学院、安徽省人民政府签署重点共建中国科学技术大学协议，并联合发出《关于重点共建中国科学技术大学的决定》，中国科大成为首批九所国家“985工程”重点建设的高校之一
12月18日，中国科学院、国家烟草专卖局在合肥召开中国科学技术大学与合肥经济技术学院合并暨中国科学技术大学经济技术学院成立大会
2000年3月1日至5日，中国科学院在北京召开第三次中国科学技术大学发展工作会议，研究部署中国科大在21世纪初建设高水平大学和改革与发展工作
9月20日，中国科学院向国务院提交《关于中国科技大学研究生院（北京）更名为中国科学院研究生院的报告》，将当时全院109个研究所的研究生教育进行体制机制改革和资源整合，在中国科学技术大学研究生院（北京）的基础上，更名组建中国科学院研究生院（现中国科学院大学）
2001年，首批获准试办国家示范性软件学院
2002年，学校19个二级学科进入国家重点学科行列
2003年，学校与苏州市人民政府合作建设的中国科学技术大学苏州研究院正式运作
2004年7月30日，中国第一个按普林斯顿高等研究院模式建立的高等研究院——中国科学技术大学上海研究院揭牌成立
2006年，学校又先后与中国科学院广州能源研究所、中国科学院上海应用物理研究所签署全面合作协议
学校还和中国科学院广州生物医药与健康研究院联合成立了医药生物技术系
2007年，学校8个一级学科（涵盖41个二级学科）、4个二级学科被评为国家重点学科
同年，成为研究生培养机制改革首批试点高校之一
2008年9月20日，中国科大迎来50周年校庆
经中国科学院国家天文台提请，国际天文学联合会小天体命名委员会将一颗小行星正式命名为“中国科大星”
国家邮政局正式发行“中国科学技术大学建校五十周年”纪念邮票
2011年10月，入选教育部“卓越工程师教育培养计划”（研究生层次学科领域）
2012年、2013年，英国自然出版集团（NPG）发布《自然出版指数中国》报告，中国科大获选为中国大陆高校第一名
2014年起，中国科学院合肥物质科学研究院教育归口单位变更为中国科大，翌年1月7日揭牌成立中国科学技术大学研究生院科学岛分院
2015年起，中国科学院金属研究所教育归口单位变更为中国科大，成立中国科学技术大学材料科学与工程学院
2016年起，中国科学院紫金山天文台教育归口单位变更为中国科大，成立中国科学技术大学天文与空间科学学院；中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所教育归口单位变更为中国科大，成立中国科学技术大学纳米技术与纳米仿生学院；中国科学院苏州生物医学工程技术研究所教育归口单位变更为中国科大
2016年5月，学校与甘肃省人民政府签署战略合作协议
2017年起，中国科学院长春应用化学研究所教育归口单位变更为中国科大，成立中国科学技术大学应用化学与工程学院
2017年9月，入选国家首批“双一流”建设高校；同月，成为首批一流网络安全学院建设示范项目高校
12月23日，中国科学技术大学生命科学与医学部揭牌成立，安徽省立医院成为中国科学技术大学附属第一医院
2018年3月，学校入选教育部首批国家级新工科研究与实践项目
4月，经国务院学位委员批准，中国科学技术大学成为首批学位授权自主审核单位；同月，中国科大与中国电子科技集团公司签署战略合作协议
9月16日，中国科大少年班85级校友、百度董事长特别助理马东敏女士以个人名义向学校捐赠一亿元人民币，并宣布成立“蔷薇科大发展基金”；同月，学校与山西省人民政府签署战略合作协议
11月，中国科大与中国银行在京签署战略合作协议
12月，中国科学技术大学党委被教育部列为首批“全国党建工作示范高校”培育创建单位
2019年3月，学校与福建省人民政府签署战略合作协议
5月22日，中国科学技术大学等“华东五校”在芜湖共同发起成立长三角研究型大学联盟
7月，发起成立中国高校行星科学联盟
9月22日，发起成立长三角高校智库联盟；同日，成为中国人工智能教育联席会创始成员、副理事长单位
12月，发起成立长三角医学教育联盟
2020年1月10日，中国科学技术大学在江西成立了中国科学院稀土研究院，规划用地1132亩，致力于成为世界一流、全国最强的稀土研究机构，教育归口为中国科学技术大学稀土学院（暂定名）
4月，中国科学技术大学与中国科学院苏州生物医学工程技术研究所联合成立中国科学技术大学生物医学工程学院（苏州）
5月，中国科学技术大学与中国科学院广州能源研究所共建的“中国科学技术大学能源科学与技术学院”成立
9月，被教育部认定为2020年全国普通高校中华优秀传统文化传承基地
10月，被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权示范高校
2021年1月17日，加入长三角文化遗产保护与文化资源共享研究联盟
4月23日，发起组建“长三角可持续发展大学联盟”
5月17日，被教育部确定为首批未来技术学院
10月，《关于第二次月球科研样品发放的公告》中月球样本被分为成51份，发放给17个研究机构，其中包括中国科学技术大学，这批样品总重约17.936克
同年，教育部正式公布2020年度学位授权自主审核单位增列的学位授权点名单，中国科学技术大学的量子科学与技术博士学位授权交叉学科位列其中
2022年1月，入选首批全国学校急救教育试点学校名单
2月，入选第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单
2月，中国科学技术大学被评选为2021年安徽省发明专利百强排行榜
2月，国际学术期刊《自然》在线发表了中国科学技术大学团队3篇成果论文，分别报道了基于超冷原子分子的量子模拟、新型电子向列相、蛋白质设计3个方面
3月，中国科学技术大学化学实验教学中心获得“中科院三八红旗集体”荣誉称号
4月，获得“2022年日内瓦国际发明展金奖”
4月，中国科学技术大学团委入选2021年度安徽省五四红旗团（工）委名单
8月中旬，中国科学技术大学高新区园区（一期）完工，9月开学后容纳约8000名师生办学
5月，中国科学技术大学单分子科学青年团队被授予第25届“安徽青年五四奖章集体”
8月20日，合作成立“长三角科技传播联盟”
8月21日，联合发起中国技术创业协会校企融合专业委员会
10月26日，由安徽省政府、中国科学技术大学、合肥市政府三方合力共建的中国科学技术大学科技商学院正式成立
12月14日，中国科学技术大学中法数学中心揭牌成立
2023年3月28日，发起成立国际传播学会中国理事会
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