安徽医科大学附属医院截至2023年3月，学校有直属附属医院5所，安徽省公共卫生临床中心2个，共建附属医院6所、非直属附属医院3所
直属附属医院：安徽医科大学第一附属医院、安徽医科大学第二附属医院、安徽医科大学附属口腔医院、安徽医科大学附属巢湖医院、安徽医科大学附属阜阳医院安徽省公共卫生临床中心：安徽省传染病医院、第一附属医院北区
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