安徽医科大学合作交流截至2023年3月，学校成为长三角医学教育联盟创始副主席单位
有临床学院达50余所，实践教学基地90余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东、福建、新疆等省（市、自治区）
同美国、德国、英国、俄罗斯、澳大利亚、加拿大、意大利、日本、西班牙、瑞典、马来西亚、加纳、埃塞俄比亚、韩国以及台湾地区、香港地区等16个国家和地区的高等院校广泛开展合作交流与合作办学，双方互派专家学者、互派学生、相互交流信息资料、共同开展人才培养和科研合作
2022年1月7日，与巴基斯坦伊斯兰堡医学与牙科学院（IMDC）共建“AHMU-IMDC中巴跨文化教育交流中心”
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