福建医科大学院系专业截至2022年12月，学校设有23个学院（部），开设30个本科专业

  福建医科大学院系专业一览表学院（部）专业名称学制授予学位福建医科大学基础医学院临床医学“5+3”一体化8年医学学士、临床医学硕士临床医学“5+3”一体化（儿科学）8年医学学士、临床医学硕士临床医学5年医学学士麻醉学5年医学学士医学影像学5年医学学士基础医学5年医学学士放射医学5年医学学士福建医科大学公共卫生学院预防医学5年医学学士公共事业管理4年管理学学士卫生检验与检疫4年理学学士福建医科大学医学技术与工程学院医学检验技术4年理学学士医学影像技术4年理学学士眼视光学4年理学学士智能医学工程4年工学学士生物信息学4年理学学士福建医科大学口腔医学院口腔医学5年医学学士福建医科大学药学院药学4年理学学士药物制剂4年理学学士临床药学5年理学学士生物制药4年工学学士福建医科大学护理学院护理学4年理学学士助产学4年理学学士福建医科大学健康学院社会工作4年法学学士应用心理学4年理学学士康复治疗学4年理学学士运动康复4年理学学士 直属附属医院：福建医科大学附属协和医院（协和临床医学院）、福建医科大学附属第一医院（第一临床医学院）、福建医科大学附属第二医院（第二临床医学院）、福建医科大学附属口腔医院 非直属附属医院（含临床医学院）：福建医科大学省立临床医学院（福建省立医院）、福建医科大学福总临床医学院（联勤保障部队第九〇〇医院）、福建医科大学妇儿临床医学院（福建省妇幼保健院、福建省妇产医院、福建省儿童医院）、福建医科大学肿瘤临床医学院（福建省肿瘤医院）、福建医科大学附属漳州市医院、福建医科大学附属泉州市第一医院、福建医科大学附属三明市第一医院、福建医科大学孟超肝胆医院、福建医科大学附属龙岩第一医院、福建医科大学附属闽东医院、福建医科大学附属南平第一医院、福建医科大学附属福州市第一医院、福建医科大学附属福州神经精神病医院、福建医科大学附属福州儿童医院、福建医科大学附属福清市医院、福建医科大学附属厦门弘爱医院（筹） 

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