福建医科大学医科大学1996年4月，经国家教委批准，更名为福建医科大学

相应的附属医院亦更名

2003年，福建省人民政府确定为重点建设高校；同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估

2012年11月，入选教育部卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校

 2013年1月，入选国家级大学生创新创业训练计划项目实施高校

5月，入选第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校

 2018年3月，入选福建省一流学科建设高校

2019年1月29日，学校附属第三医院开诊试运行

 7月，入选福建省一流大学建设高校

 2020年9月20日，加入海西医学联盟 

2022年2月17日，福建医科大学与福建省肿瘤医院举行授牌仪式，福建医科大学肿瘤临床医学院成立

 2月27日，福建医科大学妇儿临床医学院成立

 2022年6月，由卫生健康研究院、公共卫生学院卫生管理学系及卫生法学与卫生政策学系合并成立卫生管理学院

 2022年9月，福建医科大学牵头成立福建省高校基础医学学科联盟

 2023年1月，福建省人民政府与国家卫生健康委共同签署《福建省人民政府国家卫生健康委员会共建福建医科大学的意见》签署，福建医科大学正式迈入省部共建高校序列

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