菏泽学院院系专业截至2022年12月，学校设有21个教学单位，开设64个本科专业，学科专业涉及文学、历史学、经济学、法学、理学、工学、农学、教育学、管理学、艺术学十大学科门类

  菏泽学院本科专业一览表（2022年）学院名称专业菏泽学院城市建设学院建筑学人文地理与城乡规划土木工程菏泽学院化学化工学院环境科学与工程能源化学工程（校企合作，与山东东明石化集团公司合作）化学化学工程与工艺菏泽学院机电工程学院机械电子工程自动化机器人工程智能制造工程菏泽学院计算机学院物联网工程（校企合作，与达内时代科技集团公司合作）计算机科学与技术（校企合作，与山东骏文信息科技公司合作）计算机科学与技术（校企合作，与慧与软件人才产业基地合作）计算机科学与技术（校企合作，与达内时代科技集团公司合作）菏泽学院教师教育学院心理学（师范类）特殊教育（师范类）菏泽学院马克思主义学院思想政治教育（师范类）菏泽学院农业与生物工程学院生物科学（师范类）食品科学与工程园艺设施农业科学与工程生物工程菏泽学院人文与新闻传播学院汉语言文学（师范类）历史学（师范类）广告学广播电视学（校企合作，与山东新视觉数码科技公司合作）菏泽学院商学院财务管理经济学金融工程（校企合作，与邦盟汇骏教育科技公司合作）物流管理（校企合作，与山东全通网融科技公司合作）菏泽学院数学与统计学院数学与应用数学（师范类）数据科学与大数据技术（校企合作，与中科特瑞科技公司合作）统计学（校企合作，与北京中科特瑞科技公司合作）菏泽学院外国语学院英语（师范类）商务英语菏泽学院物理与电子工程学院电子信息科学与技术（校企合作，与达内时代科技集团公司合作）电气工程及其自动化物理学(中外合作办学)（师范类）菏泽学院药学院药学（校企合作，与山东睿鹰制药集团公司合作）制药工程菏泽学院政法学院劳动与社会保障（校企合作，与山东明德物业集团公司合作）知识产权菏泽学院体育与健康学院健康服务与管理体育教育（师范类）武术与民族传统体育菏泽学院美术与设计学院美术学（师范类）视觉传达设计环境设计书法学动画产品设计菏泽学院音乐与舞蹈学院音乐学（师范类）舞蹈学音乐表演舞蹈学（体育舞蹈男方向）舞蹈学（体育舞蹈女方向） 

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