山东农业工程学院科研机构截至2023年3月，学校有智能化设施农业技术及应用、特色农产品采后品控与综合利用、园艺作物高效栽培与综合利用3个山东省高校重点实验室，1个农产品采后品质控制与精深加工山东省高校特色实验室，合作共建1个院士工作站、4个省级工程技术中心和工程实验室、2个省级协同创新中心以及农业碳中和智能装备工程研究中心、高青黑牛产品加工及品质提升技术中心2个厅级科研平台
山东省高校重点实验室：智能化设施农业技术及应用实验室、特色农产品采后品控与综合利用实验室
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