黑龙江农业经济职业学院科研机构据2023年4月学校官网显示，学校有国家级协同创新中心3个、国家产业技术体系综合试验站4个、国家级科普基地3个、省级协同创新中心5个、省级重点实验室1个、省级科普基地5个
国家级协同创新中心：食用菌协同创新中心、绿色食品分析检测中心、农业技术服务协同创新中心 国家产业技术体系综合试验站：食用菌综合试验站、苹果综合试验站、水稻综合试验站、蜜蜂综合试验站 国家级科普基地：蕈菌文化与科普展馆 省级协同创新中心：农产品电子商务协同创新中心、动物健康养殖技术协同创新中心等 省级重点实验室：寒地果树省级重点实验室 省级科普基地：蕈菌文化与科普展馆、中药慧馆
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