同济大学院系调整从1949年开始，为配合新中国教育资源统筹布局，同济大学历经多次院系调整
1949年9月，文学院和法学院并入复旦大学，后随复旦大学支援了华东政法学院（现华东政法大学）、上海财政经济学院（现上海财经大学）等校的建设
1950年，为了支援湘、鄂、粤、桂、豫、赣六省（中南区）医疗卫生事业，医学院和附属同济医院全部迁往湖北武汉，与武汉大学医学院合并后改名中南同济医学院（现华中科技大学同济医学院）和武汉同济医院
1951年，光华大学、大夏大学（今华东师范大学） 两校土木系并入同济大学；同济大学理学院动物系、植物系并入华东师范大学
附属高级工业职业学校迁往南京，建成南京机械专科学校（现南京工程学院）
当时曾有动议，要将同济大学工学院迁到大连，但是后来没有实施
1952年8月至9月底，数学、物理、化学等系除了保留基本的工科教学以外，全部调整至复旦大学、华东师范大学、华东化工学院（现华东理工大学）等校；工学院机械系、电机系、造船系等调整至交通大学（现西安交通大学、上海交通大学），还支援了南京工学院（现东南大学）等校；土木系水利组调整至华东水利学院（现河海大学）
9月6日，中央教育部和华东教育部决定将交通大学、大同大学、圣约翰大学、震旦大学、之江大学、上海市立工业专科学校、华东交通工业专科学校、中华工商专科学校和同济大学9所学校的土木、建筑、测量各系、科、组全部集中于同济大学（1951年复旦大学土木系并入交通大学土木系），后又将中央美术学院建筑组调入，使之成为国内土木建筑领域规模最大、学科最全的工科大学
四平路校区1952年院系调整后，同济大学被改组为以土木建筑为特色的工科大学，医、理、文、法学院建制被取消，学校收缩，并集中在四平路原工学院校址
1952年10月，华东化工学院（1993年更名为华东理工大学）成立
11月，原同济大学理学院校址（占地面积为49.84亩）被正式调拨给华东化工学院
自1952年院系调整后的几年中，清华大学工程测量专业、公路与城市道路专业学生共55人调整至同济大学；南京工学院桥梁与隧道工程专业、厦门大学土木专业和浙江大学铁路专业各有几十名师生也先后调至同济大学
1954年，恢复研究生教育
1956年11月，同济大学由中华人民共和国高等教育部转由城市建设部和中华人民共和国建筑工程部共同领导
1956年，工学院测量系迁往湖北武汉，参与建设武汉测量制图学院（后改名武汉测绘科技大学，已并入武汉大学）
1960年3月，硅酸盐、塑料、材料性能3个专业参与组建上海建筑材料工业学院
1960年6月，被列为建工部重点高校
1960年10月，被列为高教部重点工科院校，位列64所全国重点大学之一
1964年8月上海铁道学院的建筑系调整并入同济大学
1965年12月，改由高等教育部直接领导
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