哈尔滨工程大学学科建设学科设置截至2023年2月，学校有一级学科博士学位授权点15个，一级学科硕士学位授权点32个，博士专业学位类别3个，硕士专业学位类别11个，博士后科研流动站12个，博士后科研工作站3个
国家一级、二级重点学科各1个，国防特色学科10个，黑龙江省重点学科群1个、黑龙江省一级重点学科11个
博士后站点博士后站点类型专业名称建站时间博士后科研流动站船舶与海洋工程1989年力学1998年控制科学与工程1998年计算机科学与技术2000年信息与通信工程2000年管理科学与工程2000年机械工程2003年材料科学与工程2003年动力工程及工程热物理2003年仪器科学与技术2007年核科学与技术2007年光学工程2014年博士后科研工作站哈尔滨工程大学国家大学科技园科研工作站2002年哈尔滨工程大学生物医学材料与工程研究中心2008年 博士、硕士点学科类型学科门类学科名称学科代码学术学位一级学科博士点工学力学0801工学机械工程0802工学光学工程0803工学材料科学与工程0805工学动力工程及工程热物理0807工学信息与通信工程0810工学控制科学与工程0811工学计算机科学与技术0812工学船舶与海洋工程0824工学核科学与技术0827工学软件工程0835管理学管理科学与工程1201工学仪器科学与技术0804理学数学0701法学马克思主义理论0305 学术学位二级学科博士点法学思想政治教育30505专业博士学位授权类别-机械0855-能源动力0858学术学位一级学科硕士点经济学应用经济学0202法学法学0301理学数学0701理学物理学0702理学系统科学0711工学力学0801工学机械工程0802工学光学工程0803工学仪器科学与技术0804工学材料科学与工程0805工学动力工程及工程热物理0807工学电气工程0808工学电子科学与技术0809工学信息与通信工程0810工学控制科学与工程0811工学计算机科学与技术0812工学土木工程0814工学水利工程0815工学化学工程与技术0817工学船舶与海洋工程0824工学航空宇航科学与技术0825工学核科学与技术0827工学生物医学工程0831工学软件工程0835管理学管理科学与工程1201管理学工商管理1202管理学公共管理1204艺术学设计学1305社会学法学0303外国语言文学文学0502学术学位二级学科硕士点教育学应用心理学40203教育学体育教育训练学40303工学交通信息工程及控制82302工学武器系统与运用工程82601工学环境工程83002 硕士专业学位授权类别（领域）类别代码专业学位类别名称领域代码领域名称0551翻译硕士055101英语笔译0352社会工作0352社会工作1251工商管理硕士125101工商管理硕士（MBA）125102高级管理人员工商管理硕士（EMBA）1252公共管理硕士1252公共管理硕士（MPA）0854电子信息--0855机械--0856材料与化工--0858能源动力--0859土木水利-- 重点学科学科类型学科名称“985优势学科创新平台”现代舰船与深海工程世界一流建设学科船舶与海洋工程国家重点一级学科（1个）船舶与海洋工程国家重点二级学科（1个）导航、制导与控制工业和信息化部两化融合类重点学科（1个）动力工程及工程热物理工业和信息化部新兴交叉重点学科（2个）集成光子信息技术、海洋信息工程工业和信息化部重点专业（4个）工业设计、测控技术与仪器、物联网工程、信息对抗技术国防特色紧缺学科（3个）核能科学与工程、核技术及应用、隐身技术与工程国防特色主干学科（2个）轮机工程，导航、制导与控制，通信与信息系统国防特色骨干学科（2个）船舶与海洋结构物设计制造、水声工程国防特色新兴交叉边缘学科（2个）船舶电磁兼容、熔体化学与物理国防特色支撑性基础学科（1个）固体力学黑龙江省重点学科群（1个）现代舰船与深海工程黑龙江省重点一级学科（11个）船舶与海洋工程、动力工程及工程热物理、计算机科学与技术、信息与通信工程、材料科学与工程、核科学与技术、力学、控制科学与工程、机械工程、管理科学与工程、光学工程 学科评估学校在教育部第四轮学科评估中获A+、A-等级学科各1个，获B+等级学科5个，B级学科6个，13个学科进入全国前30%行列
截至2023年5月学校工程学、化学、材料科学、计算机科学、环境/生态学等5个学科进入ESI全球前1%
学科评估一级学科代码一级学科名称评估结果位次0824船舶与海洋工程A+前2%或前2名0811控制科学与工程A-5%～10%0807动力工程及工程热物理B+10%～20%0810信息与通信工程B+10%～20%0812计算机科学与技术B+10%～20%0827核科学与技术B+10%～20%1201管理科学与工程B+10%～20%0305马克思主义理论B20%～30%0801力学B20%～30%0802机械工程B20%～30%0803光学工程B20%～30%0805材料科学与工程B20%～30%0835软件工程B20%～30%0804仪器科学与技术B-30%～40%0817化学工程与技术B-30%～40%1202工商管理C+40%～50%0814土木工程C50%～60%1204公共管理C50%～60%0303社会学C-60%～70%0808电气工程C-60%～70%0809电子科学与技术C-60%～70%0831生物医学工程C-60%～70%
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