上海理工大学合校之后1996年5月，经国家教委批准，同属机械工业部的华东工业大学（原上海机械学院）与上海机械高等专科学校合并组建上海理工大学
1997年3月20日，学校举行组建庆典和揭牌仪式，机械工业部副部长邵奇惠、上海市委副书记龚学平为上海理工大学揭牌
为纪念前身沪江大学，英文校名定为“University of Shanghai for Science and Technology”
1998年，学校由机械工业部划转上海市管理，实行”中央与地方共建，上海市管理为主”
1999年，上海光学仪器研究所（始建于1958年）并入学校
2003年7月，上海市政府将学校列为市属高校中重点建设的学校之一 ，上海医疗器械高等专科学校和上海出版印刷高等专科学校划归上海理工大学管理，两校部分资源参与组建上海理工大学医疗器械学院（2006年改组为医疗器械与食品学院）和上海理工大学出版印刷学院（2007年改组为出版印刷与艺术设计学院）
2004年，学校在教育部本科教学工作水平评估中获评优秀
同年，学校中德合作办学项目通过了德国ASIIN评估机构的评估，成为亚洲首家通过ASIIN评估机构的学校
2005年1月22日，由中国科学院系统科学研究所和上海理工大学合作组建，并由钱学森同志亲自题词命名的“上海系统科学研究院”在学校挂牌
11月1日，上海市人民政府与国家新闻出版总署举行共建上海理工大学出版印刷学院签约仪式
2006年，经教育部正式批准，学校与谢菲尔德大学、利兹大学等9所英国名校携手英国北方大学联合会创建上海理工大学中英国际学院
同年， 获批上海市地方高校的第一个教育部工程研究中心“教育部现代微创医疗器械及技术工程研究中心”；学校被认定为上海市创意产业人才培训基地
2006年10月28日，上海理工大学迎来了建校一百年庆典，全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥，国务委员陈至立，全国政协副主席、中国工程院院长徐匡迪发表贺信，上海市市长韩正出席校庆庆典并致辞
2008年，原上海海洋大学军工路318号校址、原上海电机学院军工路1100号校址并入上海理工大学军工路校区
同年，入选“国家大学生创新性实验计划”实施高校
2011年5月，被教育部评为“全国毕业生就业典型经验高校”
2012年，学校与上海工业自动化仪表研究院、上海发电设备成套设计研究院、上海电器科学研究院、上海电缆研究所、上海材料研究所、上海电动工具研究所、上海工业锅炉研究、上海电气集团中央研究院等沪上8家原国家机械工业部科研院所合作组建“机械工业共性技术上海研究院”和“机械工业上海研究生院”、“上海理工大学卓越工程研究生院”
同年，学校入选教育部“卓越工程师教育培养计划”
2013年1月，入选国家级大学生创新创业训练计划实施高校
2014年，经教育部正式批准，学校与德国汉堡应用技术大学、科堡应用技术与艺术大学和富特旺根应用技术大学合作设立上海理工大学中德国际学院
同年，学校被确定为上海市卓越新闻传播人才教育培养基地
2015年9月1日，学校与上海工业自动化仪表研究院共同发起组建上海智能制造工程师学院
2016年，上海理工大学成为“十三五”期间国家国防科技工业局与上海市人民政府共建高校
同年，学校与杨浦区人民政府签署全面战略合作协议；学校入选国家创新人才培养示范基地和全国高校实践育人创新创业基地
2017年6月，被教育部认定为“全国第二批深化创新创业教育改革示范高校”
8月，被认定为上海市首批深化创新创业教育改革示范高校
11月，学校与上海电气集团股份有限公司签署全面战略合作协议；学校与上海交通大学医学院附属瑞金医院共建的“智慧医疗光学实验室”揭牌仪式在瑞金医院举行；学校成为中国校企产学研创新联盟理事单位，并在第十一届中国产学研合作创新大会上荣获中国校企合作好案例奖
12月，上海理工大学成为中国知识产权发展联盟创始成员、常务理事单位；学校获评“全国深化创新创业教育改革特色典型经验高校”；学校与上海出入境检验检疫局签约共建“太赫兹技术口岸安全联合实验室”
同年，学校联合麻省理工学院、汉堡大学成立上海人工智能研究院；学校入选首批“上海市科技成果转化服务体系建设示范机构”
2018年1月17日，学校与莫斯科国立大学签约共建“太赫兹技术创新国际联合实验室”，是上海首批建设的3个国际联合实验室之一
3月，上海理工大学成为上海市“高水平地方高校”建设试点单位；入选教育部首批国家级新工科研究与实践项目；入选上海高校毕业生就业创业工作示范基地
5月，上海理工大学管理学院正式通过国际精英商学院协会（AACSB）的国际认证，成为大陆地区第20所及非教育部高校第1所通过AACSB国际认证的大学
6月，首批入选上海高等学校一流本科建设引领计划
7月，学校牵头成立全国首个最大的康复机器人学术组织——中国康复医学会技术转化与产业促进专业委员会康复机器人联盟，联盟挂靠单位为上海理工大学
8月，学校入选国家“111计划”
11月，成为沪港大学联盟创始成员
12月，学校“上海太赫兹波谱与影像技术省部共建协同创新中心”被教育部认定为首批省部共建协同创造新中心
2019年2月，上海理工大学入选教育部“首批高等学校科技成果转化和技术转移基地”，是唯一入围的上海市属高校
4月，学校荣获首届上海市文明校园称号；首批入选上海高等学校一流研究生教育引领计划
5月，“上海理工大学—上海市第一康复医院医工联合研究中心”、“上海理工大学康复工程临床教学基地”在上海市第一康复医院揭牌
6月，上海理工大学与华为技术有限公司签署合作框架协议
7月，工业和信息化部批复成立的国家级创新平台“国家增材制造创新中心上海航空创新中心”暨上海增材制造航空创新研究院（筹）、上海理工大学增材制造研究院揭牌
8月，学校在海外的第一个教育文化执行机构“上海理工大学东京办公室”在日本中央大学成立
9月，学校与上海交通大学医学院共同发起建立“医工交叉创新研究院”和“医工交叉研究生院”
10月，发起成立长三角高等工程教育大学科技园联盟
12月，学校与西门子（中国）有限公司数字化工业集团签约共建“USST-SIEMENS智能制造数控装备数字化技术应用示范中心”
2020年1月，学校与杨浦区签约合作共建上海理工大学杨浦基础教育集团、上海理工大学附属市东医院
2月，学校入选首批教育部智能制造领域中外人文交流人才培养基地项目
4月，学校与中国商用飞机有限责任公司签署战略合作框架协议
5月，学校与青浦区人民政府签署战略合作框架协议
7月，上海理工大学与中国科学院上海分院签署科教融合协同育人合作框架协议
8月，学校与仙居县人民政府共建上海理工大学仙居医疗器械创新与转化学院签约揭牌
9月，上海公共外交协会与上海理工大学共建上海公共外交研究院在学校签约成立 ；同月，学校与上海申康医院发展中心签署战略合作协议
10月，被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权试点高校
2021年11月，上海理工大学与宝山区人民政府签署战略合作框架协议
2022年8月，上海理工大学附属嘉善实验学校落成启用 ，上海理工大学与上海市公利医院签署战略合作协议，成立上海理工大学公利医疗技术学院
9月22日，举办“协同创新 共塑未来：2022科技公共外交论坛”
9月26日，学校与与杨浦区精神卫生中心签署合作协议
9月27日，马克思主义学院与青浦区委党校签订合作共建协议
9月28日，举办高端医疗装备创新发展高峰论坛
上海理工大学入选首批国家级创新创业教育实践基地建设单位
11月12日至13日，上海理工大学承办第六届中国系统科学大会（CSSC2022） ；11月19日，第四届沪江国际青年学者论坛光电专场上海理工大学校举办 ；12月8日，学校获批上海市高校知识产权运营中心 ；12月7日，第三届医疗器械创新与应用大会在上海理工大学举办 ；12月11日，上海市“水下工程检测”专业技术服务平台在学校图文信息中心揭牌，第三届智能机器人与海洋工程高峰论坛在学校图文信息中心举办 ；12月22日，上海理工大学举行中古国际肿瘤诊断与能量治疗联合实验室签约揭牌仪式
2023年4月3日，上海理工大学刘湛恩烈士故居红色文化主题馆入选上海市爱国主义教育基地； 5月9日，上海理工大学智慧应急管理学院揭牌仪式举行
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